Η λίμνη Toba στη Βόρεια Σουμάτρα είναι η μεγαλύτερη ηφαιστειακή λίμνη στον κόσμο με μήκος περίπου 100 χλμ.
Η λίμνη Singkarak στη Δυτική Σουμάτρα έχει μέγιστο βάθος 268 μέτρων.
Η λίμνη Maninjau στη Δυτική Σουμάτρα έχει σχήμα σαν κρατήρας με απότομο τοίχο.
Η λίμνη Kerinci στο Jambi είναι η δεύτερη μεγαλύτερη λίμνη στη Σουμάτρα μετά τη λίμνη Toba.
Η λίμνη Ranau στο Lampung είναι μια λίμνη που βρίσκεται ανάμεσα σε δύο ενεργά ηφαίστεια, δηλαδή το Mount Seminung και το Mount Pesagi.
Η λίμνη Sentani στην Παπούα είναι η μεγαλύτερη λίμνη στην Παπούα και βρίσκεται στα υψίπεδα της Jayapura.
Η λίμνη Poso στο Central Sulawesi είναι η τρίτη μεγαλύτερη λίμνη στην Ινδονησία με έκταση περίπου 32.000 εκταρίων.
Η λίμνη Matano στο South Sulawesi είναι η βαθύτερη λίμνη στην Ινδονησία με βάθος 590 μέτρων.
Η λίμνη Tondano στο North Sulawesi είναι η δεύτερη μεγαλύτερη λίμνη στο Sulawesi με έκταση περίπου 4.000 εκταρίων.
Η λίμνη Kelimutu στο Flores, η East Nusa Tenggara είναι διάσημη για το φαινόμενο τριών διαφορετικών χρωμάτων νερού στη λίμνη σε τρεις γειτονικές καλντέρα.
