L'histoire de la guerre en Indonésie comprend une période de guerre entre les royaumes locaux à l'époque préhistorique à la guerre d'indépendance.
La guerre de Diponegoro est l'une des guerres les plus célèbres d'Indonésie, qui a eu lieu de 1825 à 1830.
Pendant la période coloniale néerlandaise, il y a eu de nombreuses guerres entre l'Indonésie et les néerlandaises, comme la guerre d'Aceh, la guerre de Bali et la guerre de Banjarmasin.
La Seconde Guerre mondiale a également un impact majeur en Indonésie, en particulier pendant l'occupation japonaise.
Pendant la révolution de l'indépendance indonésienne, il y avait de nombreuses guerres entre les troupes indonésiennes et néerlandaises, comme la guerre de Surabaya et la guerre d'Ambarawa.
Des guerres entre les troupes indonésiennes et malaisiennes ont eu lieu en 1963 à 1966, connu sous le nom de confrontation indonésienne-malaisie.
La guerre du Timor oriental s'est produite en 1975 à 1999, lorsque l'Indonésie a contrôlé la région.
La guerre d'Aceh a eu lieu en 1976 à 2005, lorsque le mouvement séparatiste d'Aceh a lutté pour l'indépendance.
La guerre de Poso s'est produite en 1998 à 2001, lorsqu'un conflit entre musulmans et chrétiens s'est produit dans le centre de Sulawesi.
La guerre de Papoua s'est produite depuis 1963 jusqu'à présent, avec un mouvement séparatiste qui a combattu pour l'indépendance papoue de l'Indonésie.
