A biológiai megőrzés célja a biodiverzitás fenntartása.
Indonéziában több mint 1700 madárfaj található, köztük a világ legnagyobb madárja, a fekete fej papagájok.
Az indonéziai Komodo Nemzeti Park az egyetlen hely a világon, amely fenntartja a veszélyeztetett vaddisznók populációját.
Indonéziában több mint 20 000 növényfaj található, beleértve a hagyományos gyógynövényeket, amelyek nagyon fontosak a helyi emberek számára.
A biológiai megőrzés Indonéziában számos szervezetet és intézményt foglal magában, ideértve a Környezetvédelmi és Erdészeti Minisztériumot, a Nusantara Alam Conservation Alapítványt és a WWF Indonéziát.
Indonéziában az őslakos népek fontos ismeretekkel és készségekkel rendelkeznek a biodiverzitás és azok környezetének fenntartásában.
Indonéziában több mint 6000 édesvízi halfaj található, köztük a híres Arowana halak.
Az indonéziai biológiai megőrzés magában foglalja az emberek és a vadon élő állatok, például az elefántok és a tigrisek közötti konfliktusok csökkentésére irányuló erőfeszítéseket is.
Indonézia meghatározta a világ számos legnagyobb védelmi területét, köztük a Lorentz Nemzeti Parkot és a Gunung Leuser Nemzeti Parkot.