הארכיאולוגיה באה מהמילה היוונית, כלומר ארקאיוס שמשמעותה עתיקה ולוגו שמשמעותה מדע, כך שארכיאולוגיה ממש פירושה חקר חפצים קדומים.
לאינדונזיה היסטוריה ארכיאולוגית ארוכה מאוד, אפילו מאז התקופות הפרהיסטוריות. העדויות הארכיאולוגיות העתיקות ביותר באינדונזיה נמצאו בסאנגיראן, מרכז ג'אווה, שהגיעו מלפני 1.8 מיליון שנה.
אחד האתרים הארכיאולוגיים המפורסמים באינדונזיה הוא מקדש בורובודור, שהוא אחד המורשת התרבותית של עולם אונסק"ו. מקדש זה נבנה במאה ה -8 והוא המקדש הבודהיסטי הגדול בעולם.
מלבד מקדש בורובודור, באינדונזיה יש גם אתרים ארכיאולוגיים מפורסמים אחרים כמו מקדש פרמבנן, מקדש פנטרן ומקדש סוקוה.
בנוסף, באינדונזיה יש גם אתרים ארכיאולוגיים פרהיסטוריים רבים כמו מערת ליאנג בואה בפלורס שהיא מקום הגילוי של מאובנים אנושיים עתיקים הומו פלורסינסיס.
ארכיאולוגיה של אינדונזיה מפורסמת גם בגילוי חפצים עתיקים כמו קרמיקה סינית משושלות טאנג ושירים שנמצאו באתר הארכיאולוגי במזרח ג'אווה.
באינדונזיה, ארכיאולוגיה קשורה לעתים קרובות גם למיתוסים ואגדות מקומיות. לדוגמה, האגדה של רורו ג'ונגגרנג קשורה למקדש פרמבנן ומיתוסים על הר פדנג במערב ג'אווה.
באינדונזיה יש ארגונים ארכיאולוגיים רבים כמו איגוד הארכיאולוגים האינדונזי (IAI) והמרכז הלאומי לחקר הארכיאולוגיה (Puslitarkenas) המוטל על פיתוח ולקדם ארכיאולוגיה באינדונזיה.
ארכיאולוגיה אינדונזית היא גם דאגה בינלאומית, כפי שמעידים החוקרים הארכיאולוגיים הרבים מחו"ל המגיעים לאינדונזיה לערוך מחקר וחפירה.
לארכיאולוגיה באינדונזיה עדיין יש פוטנציאל רב לפתח וללמוד עוד יותר. עם קיומה של טכנולוגיה ושיטות חדשות בארכיאולוגיה, יתכנו תגליות מעניינות אחרות אשר ייחשפו בעתיד.