הביוטכנולוגיה הייתה קיימת באינדונזיה מאז תקופת ממלכת מג'אפיט במאה ה -13, שם השתמשו חקלאים בטכנולוגיית תסיסה כדי לשפר את איכות המוצרים החקלאיים.
בשנות השבעים החלה אינדונזיה לפתח ביוטכנולוגיה מודרנית על ידי הקמת מרכזי מחקר כמו מוסדות הביולוגיה המולקולרית של EIJKMAN ומרכזי מחקר לביוטכנולוגיה של LIPI.
אחת התוצאות המפורסמות ביותר של פריצת דרך ביוטכנולוגית אינדונזית היא ייצור ביו -אתנול מפסולת קני סוכר בשנות השמונים.
בשנות התשעים, אינדונזיה הצליחה לפתח את מפעל ה- GMO הראשון בדרום מזרח אסיה, כלומר תירס עמיד במזיקים.
במהלך שנות האלפיים התמקד ביוטכנולוגיה אינדונזית בפיתוח חיסונים, כולל חיסונים נגד שפעת ציפורים וחיסונים ל- HPV.
אינדונזיה פיתחה גם טכנולוגיית טיפול בפסולת באמצעות פירוק חיידקים, שיכולים להפחית את הזיהום הסביבתי.
בשנת 2016, אינדונזיה הצליחה לייצר את האינסולין הרקומביננטי הראשון בדרום מזרח אסיה, שימושי לטיפול בסוכרת.
אינדונזיה ייצרה גם כמה תרופות ביוטכנולוגיות, כמו אינטרפרון ואריתרופויטין.
המרה ביולוגית של פסולת באנרגיה הפכה גם למוקד המחקר הביוטכנולוגי האינדונזי, על ידי פיתוח ביוגז וטכנולוגיית ייצור ביו -דיזל.
ממשלת אינדונזיה ממשיכה לחזק את מגזר הביוטכנולוגיה באמצעות תוכניות כמו התנועה הלאומית לביוטכנולוגיה אוריינות ופיתוח מרכזי מחקר וחממות עסקיות ביוטכנולוגיות ברחבי הארץ.
