ההיסטוריה הרפואית האינדונזית החלה בתקופות פרהיסטוריות בהן ילידים השתמשו במרכיבים טבעיים כמו עלים, קליפת עץ ושורשים לטיפול במחלות שונות.
במאה ה -7 לספירה, הדת ההינדית-בודהיסטית הביאה השפעה גדולה על הטיפול באינדונזיה. מדעי התרופות מהודו וסין הוצגה והותאמה לחוכמה המקומית.
במאה ה -16 הגעתם של האירופאים הביאה השפעה חדשה בהיסטוריה הרפואית האינדונזית. הם הביאו תרופות מערביות ופתחו גם את בית החולים הראשון באינדונזיה.
אחת הדמויות הרפואיות המפורסמות בתקופה הקולוניאלית הייתה ד"ר Tjipto Mangoenkoesoemo, שהוא אחד המייסדים של בית החולים דרמו בסורבאיה בשנת 1910.
במהלך העצמאות החלה ממשלת אינדונזיה לבנות מערכת בריאות לאומית על ידי הקמת בתי חולים ומרכזי בריאות הציבור.
אחת מתוכניות הבריאות המפורסמות באינדונזיה היא כרטיס האינדונזיה הבריא, המספק גישה בריאותית חופשית לעניים ועוולים.
בשנות השישים הפכה אינדונזיה לאחת המדינות הראשונות בעולם שמילקה את המלריה באמצעות תוכניות בקרת וקטור ומינהל תרופות אנטי -מלוני.
בשנות השמונים, אינדונזיה הצליחה להפחית את התינוקות ואמהות שילדו עם תוכנית רחבה לבריאות האם והילדים.
באינדונזיה יש גם מסורת טיפול אלטרנטיבית ייחודית, כמו רפלקסולוגיה, דיקור סיני ורפואה צמחית, שלפי ההערכה היא מסייעת לריפוי מחלות שונות.
נכון לעכשיו, אינדונזיה נלחמת נגד פנדמי קוביד -19 עם תוכנית חיסון המוני הדוקה ופרוטוקול בריאות. ההיסטוריה הרפואית של אינדונזיה ממשיכה להתפתח ולחדש כדי לשמור על בריאות הציבור.
