Ang Paleontology ay nagmula sa salitang Greek na nangangahulugang kaalaman tungkol sa mga napatay na bagay.
Sa Indonesia, ang pinakalumang fossil ay natagpuan sa rehiyon ng Sangiran, Central Java, na may edad na halos 2.5 milyong taon.
Ang isa sa mga sikat na fossil mula sa Indonesia ay ang Homo Floresiensis o kilala bilang Human Hobbit, na natagpuan sa Flores Island noong 2003.
Ang mga sinaunang elepante na fossil ay malawak din na matatagpuan sa Indonesia, tulad ng sinaunang Sumatran at mga elepante ng Java.
Ang mga dinosaur fossil sa Indonesia ay binubuo ng iba't ibang uri, tulad ng mga matatagpuan sa mga rehiyon ng Cilek, Lampung at Cikakak, West Java.
Ang isa sa mga pinakamalaking fossil sa Indonesia ay ang mammoth fossil na matatagpuan sa lugar ng Sangiran, gitnang Java na may taas na halos 4.5 metro.
Ang mga sinaunang fossil ng isda ay matatagpuan din sa Indonesia, tulad ng fossil fish mula sa panahon ng Devonian na matatagpuan sa lugar ng Timor.
Ang pinakalumang mga fossil ng ibon sa Indonesia ay matatagpuan sa rehiyon ng Sumba, East Nusa Tenggara, na may edad na halos 2 milyong taon.
Bukod sa mga fossil, ang mga sinaunang site ay matatagpuan din sa Indonesia, tulad ng site ng Sangiran at site ng Gunung Padang.
Ang Paleontology sa Indonesia ay mayroon pa ring maraming potensyal na makahanap ng mas maraming mga fossil at mga sinaunang site na hindi ipinahayag.
