Endonezya mimarisinin tarihi, insanların ahşap ve bambudan stilts üzerinde evler inşa etmeye başladığı tarih öncesi zamanlarda başlar.
7. yüzyılda, Sumatra merkezli Srivijaya Krallığı, Tapınaklar ve Yuvarlak Stupa'nın özellikleriyle Endonezya mimari gelişiminin merkezi haline geldi.
14. yüzyılda, Java merkezli Majapahit krallığı, şehrin tapınaklarının ve kalelerinin özellikleriyle Javanese mimarlık gelişiminin merkezi haline geldi.
Hollanda sömürge döneminde, Endonezya mimarisi güçlü bir Avrupa tarzının etkisi ile büyük değişiklikler yapıldı. Hollanda sömürge mimari tarzı Endonezya'daki birçok eski binada bulunabilir.
Endonezya bağımsızlığı sırasında, Endonezya mimarisi, Avrupa ve Amerika Birleşik Devletleri'nden modern mimari tarzını inceleyen birçok Endonezya mimarı ile hızlı bir gelişme yaşadı.
Bağımsızlık döneminde Endonezya'nın ünlü mimarlarından biri, aynı zamanda Endonezya'nın ilk başkanı olan Sukarno'ydu. Sukarno, geleneksel unsurları modern stillerle birleştiren Endonezya ulusal mimarisi tarzını geliştiren bir mimar olarak bilinir.
En ünlü Endonezya mimari binasının bir örneği, dünyanın en büyük Budist tapınağı olan Borobudur Tapınağıdır. Borobudur Tapınağı 8. yüzyılda inşa edildi ve UNESCO Dünya Mirası.
Ünlü Endonezya modern mimari binasının bir örneği, Endonezya Ulusal Anıtı olan Monas'dır. Monas 1961 yılında inşa edildi ve 132 metre yüksekliğe sahip.
Ünlü Endonezya geleneksel mimari binasının bir örneği, Güney Sulawesi'den kaynaklanan Toraja geleneksel evidir. Toraja geleneksel ev eşsiz bir şekle sahiptir ve güzel oymalarla dekore edilmiştir.
Şu anda, Endonezya mimarisi birçok yenilik geliştirmeye ve deneyimlemeye devam etmektedir. Birçok Endonezya mimarı çevre dostu mimari stiller geliştirir ve güzel ve işlevsel binalar inşa etmek için yerel malzemeleri kullanır.