Các bệnh truyền nhiễm có thể lây lan rất nhanh ở Indonesia vì các hòn đảo và dân số dày đặc.
Lịch sử của Indonesia ghi lại một số vụ dịch lớn như dịch tả, cúm gia cầm và SARS.
Sốt rét vẫn là một trong những bệnh truyền nhiễm phổ biến nhất ở Indonesia.
Indonesia có một số loài muỗi có thể truyền các bệnh như sốt rét, sốt xuất huyết, Chikungunya và Zika.
Virus Corona hoặc Covid-19 được phát hiện lần đầu tiên ở Indonesia vào tháng 3 năm 2020 và đã lan rộng khắp cả nước.
Indonesia cũng có các bệnh truyền nhiễm độc đáo như leptospirosis lây lan qua nước tiểu chuột.
Chương trình tiêm chủng ở Indonesia đã thành công trong việc giảm tỷ lệ tử vong do các bệnh truyền nhiễm như bại liệt và sởi.
Indonesia cũng trải qua các trường hợp viêm màng não do vi khuẩn hoặc virus tấn công màng não và tủy sống.
Trong những năm gần đây, các trường hợp bệnh dại được tìm thấy ở Indonesia do vết cắn của động vật như chó và mèo.
Hầu hết các bệnh truyền nhiễm ở Indonesia có thể được ngăn chặn bằng cách duy trì sự sạch sẽ, tránh tiếp xúc với động vật hoang dã và được tiêm vắc -xin đúng.