Инфекциозните болести могат да се разпространят много бързо в Индонезия заради островите и гъстото население.
История на Индонезия записва няколко големи огнища като холера, птичи грип и SARS.
Маларията все още е едно от най -често срещаните инфекциозни заболявания в Индонезия.
Индонезия има няколко вида комари, които могат да предават заболявания като малария, треска на денга, чикунгуня и Zika.
Вирусът Corona или Covid-19 за първи път е открит в Индонезия през март 2020 г. и оттогава се разпространява в цялата страна.
Индонезия има и уникални инфекциозни заболявания като лептоспироза, които се разпространяват през миши урина.
Имунизационната програма в Индонезия успя да намали смъртността поради инфекциозни заболявания като полиомиелит и морбили.
Индонезия също изпитва случаи на менингит, причинени от бактерии или вируси, които атакуват мозъчната мембрана и гръбначния мозък.
През последните години случаите на бяс се намират в Индонезия, причинени от ухапвания от животни като кучета и котки.
Повечето инфекциозни заболявания в Индонезия могат да бъдат предотвратени чрез поддържане на чистота, избягване на контакт с диви животни и получаване на правилната ваксинация.