Häkkimine ilmus esmakordselt Indoneesias 1980ndatel, kui inimesed hakkasid ebaseaduslikult arvutitesse pääsema ja üritasid siseneda turvasüsteemi.
1990ndatel hakkas Indoneesias olema aktiivne häkkerikogukond, näiteks Indoneesia Siber Network (JSI) ja Indoneesia tagasilöögi meeskond.
2000. aastatel oli Indoneesias mitu tohutut häkkimise juhtumit, näiteks valitsuse veebisaitide häkkimise juhtumid ja suurte korporatsioonide.
Mõned kuulsad Indoneesia häkkerid hõlmavad Agung Prabowo, Yohanes Surya ja Benny Handoko.
2013. aastal võõrustas Indoneesia rahvusvahelist häkkerite konverentsi, häkkimise kasti.
2014. aastal oli Indoneesia ajaloos suurim häkkimise juhtum, kui tervishoiuministeeriumi veebisaiti häkkiti ja miljonite inimeste isikuandmed varastati.
Aastal 2015 korraldas Indoneesia rahvusvahelise häkkimisvõistluse, jäädvustas Jakartas lipu (CTF).
Koos tehnoloogia arenguga on Indoneesia häkkerid küberrünnakute läbiviimisel üha osavamad ja keerukamad.
Praegu on Indoneesia valitsusel õe- ja osariigi paroolide agentuur (BSSN), mille ülesandeks on kaitsta riigi küber turvalisust häkkerite rünnakute eest.
Ehkki turvasüsteemi ebaseaduslik häkkimine ja kahjustamine on seadusega keelatud kriminaalne tegu, saab häkkimist kasutada ka positiivsetel eesmärkidel, näiteks süsteemi turvalisuse testimisel ja turvalünkade avastamine, mida saab parandada.
