L'Indonésie compte plus de 17 000 îles et de longues côtes, ce qui en fait une maison pour plus de 3 000 espèces de poissons et 600 espèces de corail.
Les requins du pape, l'un des plus grands poissons du monde, se trouvent dans les eaux indonésiens et sont souvent vus autour des îles Raja ampat.
Les récifs coralliens en Indonésie ont une biodiversité très élevée, avec plus de 600 espèces de corail différentes.
Pigmy Sea Horse, l'une des plus petites espèces de chevaux de mer du monde, se trouve dans les eaux indonésiennes, en particulier autour de l'île de Bali.
Le poisson clown, célèbre comme le personnage principal du film Finding Nemo, est une espèce de poisson que l'on trouve dans de nombreuses eaux indonésiennes.
Les eaux indonésiennes sont également un endroit où vivre pour de nombreuses espèces de tortues marines, notamment des tortues vertes, des écailles et des tortues étoiles.
Les îles Komodo en Indonésie abritent les lézards de Komodo Komodo, les plus grandes espèces de lézards du monde que dans la région.
Blue Whale, l'un des plus grands mammifères marins du monde, se trouve dans les eaux indonésiennes au cours de leur saison de migration.
Les eaux indonésiennes sont également un endroit où vivre pour de nombreuses espèces de requins, notamment des requins corails, des requins marteaux et des requins.
Il y a plus de 30 espèces de dauphins qui peuvent être trouvées dans les eaux indonésiennes, y compris les dauphins tachetés, les dauphins de nez de bouteille et les dauphins de bande.
