L'Indonesia ha più di 17.000 isole e lunghe coste, rendendola una casa per oltre 3.000 specie di pesci e 600 specie di corallo.
Gli squali papa, uno dei pesci più grandi del mondo, si trova nelle acque indonesiane e si vede spesso intorno alle isole di Raja Ampat.
Le barriere coralline in Indonesia hanno una biodiversità molto elevata, con oltre 600 diverse specie di coralli.
Il cavallo di mare di Pigmy, una delle più piccole specie di cavalli marini del mondo, si trova nelle acque indonesiane, in particolare intorno all'isola di Bali.
Fish Clown, che è famoso come il personaggio principale del film che trova Nemo, è una specie di pesce che si trova in molte acque indonesiane.
Le acque indonesiane sono anche un luogo in cui vivere per molte specie di tartarughe marine, tra cui tartarughe verdi, scale e tartarughe da stella.
Le isole di Komodo in Indonesia ospitano le lucertole di Komodo Komodo, le più grandi specie di lucertole del mondo che si trovano solo nella regione.
Blue Whale, uno dei più grandi mammiferi marini del mondo, si trova nelle acque indonesiane durante la loro stagione migratoria.
Le acque indonesiane sono anche un luogo in cui vivere per molte specie di squali, tra cui squali di corallo, squali a martello e squali.
Ci sono più di 30 specie di delfini che si possono trovare nelle acque indonesiane, tra cui delfini maculati, delfini a naso bottiglia e delfini a nastro.