Povijest astronomije u Indoneziji započinje u prapovijesnim vremenima, kada naši preci koriste zvijezde za navigaciju i određuju vrijeme žetve.
U 13. stoljeću kraljevstvo Majapahit imalo je svjetski poznati astronomski opservatorij.
Jedan od vodećih indonezijskih astronoma je R.T. Alojzij Lilius, koji je stvorio gregorijanski kalendar koji se trenutno koristi u cijelom svijetu.
1976. godine Indonezija je postala jedna od prvih zemalja koja se pridružila projektu vrlo velikog niza (VLA), najveća teleskopska radio mreža na svijetu.
Godine 1983. Indonezija je bila domaćin međunarodne konferencije o azijsko-pacifičkoj astronomiji.
2007. godine Indonezija je svoj prvi satelit poslala u svemir, nazvan Lapan-Tubsat.
Jedna od poznatih pojava astronomije u Indoneziji je totalna pomrčina Sunca, koja se dogodila 2016. godine i privukla mnoge turiste iz cijelog svijeta.
U 2018. godini Indonezija je osvojila nagradu kao najbolju zemlju u promatranju pomračenja Mjeseca.
Indonezija ima nekoliko modernih opservatorija astronomije, uključujući opservatorij Bosscha u opservatoriju Bandung i Lembang u Lembangu.
Trenutno Indonezija gradi najveći opservatorij u jugoistočnoj Aziji, nazvanom Nacionalni opservatorij Indonezije.
