Astronomijas vēsture Indonēzijā sākas aizvēsturiskos laikos, kad mūsu senči navigācijai izmanto zvaigznes un nosaka ražas novākšanas laiku.
13. gadsimtā Majapahitas valstībai bija pasaulslavena astronomijas observatorija.
Viens no vadošajiem Indonēzijas astronomiem ir R.T. Aloysius Lilius, kurš izveidoja Gregora kalendāru, kas šobrīd tiek izmantots visā pasaulē.
1976. gadā Indonēzija kļuva par vienu no pirmajām valstīm, kas pievienojās ļoti lielajam masīva (VLA) projektam, kas ir lielākais teleskopa radio tīkls pasaulē.
1983. gadā Indonēzija rīkoja starptautisko konferenci par Āzijas un Klusā okeāna astronomiju.
2007. gadā Indonēzija nosūtīja savu pirmo satelītu kosmosā ar nosaukumu Lapan-Tubsat.
Viena no slavenajām astronomijas parādībām Indonēzijā ir kopējais saules aptumsums, kas notika 2016. gadā un piesaistīja daudzus tūristus no visas pasaules.
2018. gadā Indonēzija ieguva balvu kā labāko valsti, novērojot Mēness aptumsumu.
Indonēzijai ir vairākas mūsdienīgas astronomijas observatorijas, ieskaitot Boscha observatoriju Bandungā un Lembang observatorijā Lembangā.
Pašlaik Indonēzija veido lielāko observatoriju Dienvidaustrumu Āzijā, vārdā Indonēzijas Nacionālā observatorija.
