הומאופתיה באינדונזיה הוצגה על ידי ד"ר ד"ר קארל היידן בשנת 1817.
השם ההומאופתיה מגיע מההומויוס היווני שמשמעותו דומים ופתוס שמשמעותו סבל.
תרופות הומאופתיה מיוצרות מרכיבים טבעיים כמו צמחים, מינרלים ובעלי חיים.
העיקרון הבסיסי של ההומאופתיה הוא חוק ריפוי דומה כמו דומה, כלומר תרופות הגורמות לתסמינים אצל אנשים בריאים ירפא את אותם תסמינים בקרב אנשים חולים.
תרופות הומאופתיה נלקחות מאוד בכמויות קטנות ומדוללות שוב ושוב.
ניתן להשתמש בהומאופתיה לטיפול במצבים רפואיים שונים, כולל אלרגיות, כאבי ראש, שפעת ופציעות ספורט.
הומאופתיה יכולה לשמש גם כטיפול מניעה לשיפור מערכת החיסון ואת הבריאות הכללית.
ישנן מרפאות הומאופתיה רבות באינדונזיה המציעות רפואה אלטרנטיבית זו, במיוחד באזורים עירוניים כמו ג'קרטה, סורבאיה ובנדונג.
טיפול בהומאופתיה בדרך כלל לוקח זמן רב יותר מהטיפול המקובל, אך יש פחות תופעות לוואי.
למרות שהומאופתיה אינה מוכרת רשמית על ידי משרד הבריאות האינדונזי, השימוש בתרופות הומאופתיה באינדונזיה הולך וגובר יחד עם הגברת המודעות הציבורית לרפואה אלטרנטיבית.