כדורגל הוא הספורט הקבוצתי הפופולרי ביותר באינדונזיה ומכונה ספורט של אנשים.
קבוצת הכדורגל הלאומית האינדונזית, המכונה גרודה, זכתה בזהב במשחקי הים 1991 ובגביע הנמר 2002.
בדמינטון הוא ספורט קבוצתי שהוא גם פופולרי מאוד באינדונזיה, וקבוצת הבדמינטון הלאומית האינדונזית זכתה במדליות זהב רבות באליפות האולימפית והעולמית.
קבוצת הכדורעף לגברים ונשים באינדונזיה היא גם משיגים מאוד ברמה הבינלאומית, על ידי זכייה במדליית זהב במשחקי SEA ובאליפות אסייתית.
ספורט אינדונזי מסורתי, כדורגל טאקרו, שיחק גם הוא כקבוצה ויש להם אוהדים רבים ברחבי הארץ.
נבחרת פוטסל אינדונזית השתתפה במספר אליפויות עולמיות של FUTSAL.
ספורט מים כמו שחייה, פולו מים וצלילה משוחקים גם הם בקבוצה באינדונזיה, עם הישג טוב ברמות האזוריות והבינלאומיות.
קבוצת הכדורסל של הגברים האינדונזיים השתתפה בכמה אליפויות ואסיה בכדורסל ומשחקי ים, ואילו קבוצת הכדורסל הנשים האינדונזית זכתה במדליית כסף במשחקי SEA 2019.
ספורט קבוצתי פופולרי אחר באינדונזיה כולל הוקי שדה, רוגבי וקריקט.
אינדונזיה כוללת גם מועדוני ספורט מקצועיים רבים בספורט שונים, כמו פרסיה ג'קרטה בכדורגל, ג'קרטה BNI 46 בבדמינטון, ופרטמינה מודה סאטריה בכדורסל.
