2004 m. ACEH Tsunamis buvo blogiausia stichinė nelaimė Indonezijoje, kuri žuvo daugiau nei 200 000 žmonių.
Miško ir sausumos gaisrai Indonezijoje yra viena iš pagrindinių oro taršos Pietryčių Azijoje priežasčių.
2019 m. Indonezija per pastaruosius ketverius metus patyrė blogiausius miško ir žemės gaisrus - daugiau nei 900 000 hektarų degančios žemės.
Stichinės nelaimės dažnai atsiranda Indonezijoje dėl jos vietos Ramiojo vandenyno žiede, Žemės plokštelių susitikimo vietoje, kuri dažnai sukelia žemės drebėjimus, cunamį ir vulkaninį išsiveržimą.
2018 m. Žemės drebėjimas ir cunamis Palu mieste, Centriniame Sulavezyje, nužudė daugiau nei 4 300 žmonių.
Indonezijoje yra daugiau nei 17 000 salų, taigi susiduria su dideliais iššūkiais aplinkos valdymo ir stichinių nelaimių atžvilgiu.
Stilinės nelaimės Indonezijoje dažnai daro didelę žalą aplinkai, tokioms kaip dirvožemio erozija ir vandens tarša.
Indonezija yra viena iš šalių, turinčių didžiausią miškų naikinimo laipsnį pasaulyje, dėl kurio prarandamos laukinės gamtos buveinės ir grasina biologinė įvairovė.
2017 m. Gunung Agung Balyje išsiveržė ir sukėlė daugiau nei 100 000 gyventojų evakuaciją ir didelę žalą aplinkai.
Nors Indonezija patyrė daug stichinių nelaimių ir aplinkos iššūkių, Indonezija taip pat turi daugybę gražių gamtos teritorijų ir nepaprastos biologinės įvairovės, tokios kaip Komodo nacionalinis parkas ir Lorentzo nacionalinis parkas.