Indonezija ima več kot 17.000 otokov in 54.716 km obale, ki se raztezajo, zaradi česar je ena od držav z največjimi morskimi viri na svetu.
Otok Komodo v Indoneziji je dom največjih vrst kuščarjev na svetu, Komodo.
Makassarska ožina v Indoneziji je eno izmed mest za sestanke dveh oceanskih tokov, in sicer južna širina in severna širina.
Indonezija ima 3 oceane, ki omejujejo njegovo ozemlje, in sicer Tihi ocean na vzhodu, Indijski ocean na jugu in Arktični ocean na severu.
Nacionalni park Bunaken v Severnem Sulawesiju je eno najboljših potapljaških krajev na svetu, z izjemno morsko biotsko raznovrstnostjo.
Indonezija ima drugi največji koralni greben na svetu po Velikem pregradnem grebenu v Avstraliji, z več kot 3.500 vrstami rib in 600 vrst koral.
Indonezijske vode so dom več redkih in ogroženih morskih vrst, kot so kitovi morski psi, velikanski stingraji in zelene želve.
Indonezijske vode so bogate tudi z morskimi viri, kot so tuna, kozice in rakovice, ki so vir preživljanja za milijone ribičev.
Indonezija ima več aktivnih vulkanov, kot sta gora Merapi v osrednji Javi in Mount Agung na Baliju, kar lahko vpliva na kakovost okoliške morske vode.
Indonezija ima dolgo zgodovino pri upravljanju morskih virov s tradicijo trajnostnega ribolova in bogate kulture morskih sadežev.
