Chuyến bay đầu tiên ở Indonesia được thực hiện bởi một người Hà Lan tên Van Der Willigen vào năm 1911 tại Bandung.
Năm 1928, Indonesia có hãng hàng không quốc gia đầu tiên, Knilm (Koninklijke Nederlandsch-Indische Luchtvaart Maatschappij).
Máy bay đầu tiên được Knilm sử dụng là máy bay Fokker F.VII.
Trong thời kỳ thuộc địa của Hà Lan, máy bay được sử dụng cho các chuyến bay ở Indonesia là máy bay quân sự.
Sau khi Indonesia độc lập, hãng hàng không quốc gia đổi tên thành Garuda Indonesia vào năm 1950.
Năm 1966, Indonesia có máy bay đầu tiên được sản xuất tại nước này, máy bay N-250 Gatotkaca.
Năm 1981, Garuda Indonesia trở thành hãng hàng không đầu tiên từ Đông Nam Á sử dụng máy bay Boeing 747.
Năm 1997, Garuda Indonesia trở thành hãng hàng không đầu tiên trên thế giới cung cấp các chuyến bay trực tiếp giữa London và Jakarta.
Năm 2007, Indonesia có một hãng hàng không mới, Lion Air.
Vào năm 2018, Indonesia đã ghi lại một kỷ lục thế giới bằng cách thực hiện chuyến bay dài nhất trong 37 giờ bằng cách sử dụng máy bay Boeing 737 Max 8.
