Historie astronomie v Indonésii začíná v prehistorických dobách, kdy naši předci používají hvězdy pro navigaci a určují čas sklizně.
Ve 13. století mělo království Majapahit světově proslulé astronomické observatoři.
Jedním z předních indonéských astronomů je R.T. Aloysius Lilius, který vytvořil gregoriánský kalendář, který se v současné době používá po celém světě.
V roce 1976 se Indonésie stala jednou z prvních zemí, které se připojily k velmi velkému projektu (VLA), největší rádiovou síť dalekohledu na světě.
V roce 1983 uspořádala Indonésie Mezinárodní konferenci o Asii-Pacifické astronomii.
V roce 2007 Indonésie poslala svůj první satelit do vesmíru s názvem Lapan-Tubsat.
Jedním ze slavných astronomických jevů v Indonésii je totální zatmění, ke kterému došlo v roce 2016 a přilákalo mnoho turistů z celého světa.
V roce 2018 získala Indonésie cenu jako nejlepší země při pozorování zatmění měsíce.
Indonésie má několik moderní observatoře astronomie, včetně observatoře Bosscha v Bandung a Lembang Observatory v Lembangu.
V současné době Indonésie staví největší observatoř v jihovýchodní Asii, pojmenovaná Indonéská národní observatoř.
