Jalkapallo on Indonesian suosituin urheilulaji, ja se on kehittynyt Hollannin siirtomaa -aikakauden jälkeen.
Vuonna 1962 Indonesia isännöi Aasian pelejä ja voitti 4 kultamitalia, 9 hopeamitalia ja 12 pronssimitalia.
Vuonna 2018 Indonesian sulkapallo -urheilija Kevin Sanjaya Sukamuljo ja Marcus Fernaldi Gideon voittivat miesten kaksinkertaisen maailmanmestarin.
Indonesia voitti vuoden 2016 olympialaisissa Rio de Janeirossa vain yhden sulkapallo.
BMX -polkupyörät esiteltiin ensimmäisen kerran Indonesiassa 1980 -luvulla, ja niistä tuli yhä suositumpi urheilulaji nuorten keskuudessa.
Vuonna 1985 Indonesia voitti Aasian Cup -tittelin ensimmäistä kertaa Indonesian jalkapallon historiassa.
Indonesian uima -urheilija Richard Sam Bera voitti hopeamitalin vuoden 1988 olympialaisissa Soulissa, Etelä -Koreassa.
Perinteiset indonesialaiset urheilulajit, kuten Takraw ja Pencak Silat, tunnetaan yhä enemmän kansainvälisessä maailmassa, ja niistä on tullut virallinen urheilu Aasian peleissä.
Vuonna 2018 Indonesia isännöi Aasian pelejä ja voitti 31 kultamitalia, 24 hopeamitalia ja 43 pronssimitalia.
Indonesialla on myös suuria urheilijoita, kuten Susi Susanti, Taufik Hidayat ja Eko Yuli Irawan, jotka voittivat kultamitalin kansainvälisessä urheilutapahtumassa.