Indonesia memiliki lebih dari 17.500 pulau dan 80% dari fauna yang tinggal di Indonesia adalah endemik atau hanya ditemukan di Indonesia saja.
Orangutan merupakan satwa endemik Indonesia dan hanya ditemukan di Sumatera dan Kalimantan.
Gajah Sumatera dan Gajah Kalimantan merupakan subspesies gajah yang hanya ditemukan di Indonesia.
Kura-kura air tawar terbesar di dunia, yakni Kura-kura Raksasa (Rafetus swinhoei) ditemukan di Danau Toba, Sumatera Utara.
Terdapat lebih dari 600 spesies burung yang ditemukan di Indonesia, termasuk Burung Cendrawasih yang memiliki paruh yang panjang dan indah.
Harimau Sumatera dan Harimau Jawa merupakan subspesies harimau yang hanya ditemukan di Indonesia.
Buaya air asin terbesar di dunia, yakni Buaya Muara (Crocodylus porosus) ditemukan di perairan Indonesia.
Indonesia merupakan rumah bagi beberapa spesies ular terbesar di dunia, seperti Ular Sanca Raksasa (Python reticulatus) dan Ular Anaconda Hijau (Eunectes murinus).
Terdapat lebih dari 200 spesies ikan hias yang ditemukan di Indonesia, termasuk Ikan Cupang yang populer sebagai ikan hias.
Indonesia memiliki spesies serangga yang sangat beragam, seperti Kupu-kupu Raja (Ornithoptera alexandrae) yang merupakan salah satu kupu-kupu terbesar di dunia.
