Ang Indonesia ay may higit sa 17,500 mga isla at 80% ng fauna na naninirahan sa Indonesia ay endemik o matatagpuan lamang sa Indonesia.
Ang mga Orangutans ay mga hayop na endemikong Indonesia at matatagpuan lamang sa Sumatra at Kalimantan.
Ang mga elepante ng Sumatran at mga elepante ng Kalimantan ay mga subspecies ng elepante na matatagpuan lamang sa Indonesia.
Ang pinakamalaking pagong ng tubig sa buong mundo, ang higanteng pagong (Rafetus Swinhoei) ay natagpuan sa Lake Toba, North Sumatra.
Mayroong higit sa 600 species ng mga ibon na matatagpuan sa Indonesia, kabilang ang mga ibon ng paraiso na may mahaba at magagandang beaks.
Ang Sumatran Tigers at Java Tigers ay mga subspecies ng tigre na matatagpuan lamang sa Indonesia.
Ang pinakamalaking buaya ng tubig -alat sa buong mundo, ang estuary crocodile (crocodylus porosus) ay matatagpuan sa tubig sa Indonesia.
Ang Indonesia ay tahanan ng ilan sa mga pinakamalaking species ng ahas sa mundo, tulad ng mga higanteng python (Python reticulatus) at berdeng anaconda ahas.
Mayroong higit sa 200 mga species ng pandekorasyon na isda na matatagpuan sa Indonesia, kabilang ang mga isda ng betta na popular bilang pang -adorno na isda.
Ang Indonesia ay may magkakaibang mga species ng insekto, tulad ng Butterfly ng King (Ornithoptera Alexandrae) na kung saan ay isa sa pinakamalaking butterflies sa buong mundo.
