Industri pertanian ikan di Indonesia telah berkembang sejak zaman Kerajaan Majapahit pada abad ke -13.
Indonesia mempunyai lebih daripada 17,000 pulau, dengan itu memberikan potensi besar untuk pembangunan pertanian ikan.
Lele adalah salah satu jenis ikan yang paling banyak ditanam di Indonesia.
Indonesia adalah salah satu pengeluar udang terbesar di dunia, dengan pengeluaran sekitar 500,000 tan setahun.
Penanaman rumpai laut di Indonesia telah berkembang pesat, dengan jenis seperti Eucheuma Cottonii dan Gracilaria sp. Jadilah yang paling popular.
Indonesia mempunyai lebih daripada 5 juta hektar kolam, yang kebanyakannya digunakan untuk pertanian ikan dan udang.
Teknologi penanaman ikan di Indonesia berkembang, dengan menggunakan sistem penanaman bersepadu dan makanan berkualiti tinggi.
Indonesia juga menghasilkan biji ikan massa, dengan jenis seperti tilapia, carp, dan pomfret ke yang paling dihasilkan.
Terumbu karang di Indonesia adalah tempat tinggal untuk banyak spesies ikan dan udang, sehingga memberi peluang untuk pembangunan penanaman di tempat terbuka.
Sebagai tambahan kepada penanaman ikan dan udang, Indonesia juga mula membangunkan penanaman spesies lain seperti udang, kerang, dan kima.