Ang Indonesia ay may higit sa 30,000 mga species ng halaman, kabilang ang 5,000 endemic species o matatagpuan lamang sa Indonesia.
Ang isa sa mga pinakatanyag na halaman ng Indonesia ay ang Rafflesia Arnoldii Flower, na may pinakamalaking bulaklak sa mundo na may diameter na 1 metro.
Ang mga halaman ng niyog ay isa sa mga pinakamahalagang halaman sa Indonesia, dahil halos lahat ng bahagi ng mga puno ng niyog ay maaaring magamit para sa iba't ibang mga layunin.
Ang Indonesia ay kilala rin sa pagkakaiba -iba ng mga species ng orchid, na may higit sa 4,000 mga species ng orchid na matatagpuan sa buong bansa.
Ang mga halaman ng bigas ay ang pangunahing halaman ng pagkain sa Indonesia, at ang Indonesia ay isa sa pinakamalaking tagagawa ng bigas sa buong mundo.
Sa Indonesia mayroong higit sa 3,000 species ng tradisyonal na mga halamang gamot na ginagamit upang gamutin ang iba't ibang mga sakit.
Ang mga halaman ng mercusii pine ay isa sa mga pinaka -karaniwang puno na matatagpuan sa Indonesia, at madalas na ginagamit para sa paggawa ng kahoy.
Ang Indonesia ay mayroon ding sikat na mga halaman ng kape, tulad ng Luwak Coffee na sikat sa natatanging pagproseso nito.
Sa Kalimantan, may mga kuko na maaaring lumaki ng hanggang sa 20 metro, na ginagawa itong isa sa pinakamalaking halaman sa mundo.
Ang mga halaman ng bulaklak ng Melati ay mga pambansang halaman ng Indonesia, at madalas na ginagamit sa tradisyonal at relihiyosong mga seremonya.