İndoneziyada 17 mindən çox adaya malikdir və dünyanın bütün məməlilərinin, quşların və sürünənlərin bütün növlərinin 10% -ni təşkil edir.
İndoneziya yağış meşəsi dünyanın ən böyüklərindən biridir və portağal, pələnglər və fillər də daxil olmaqla vəhşi təbiətin qorunması üçün çox vacibdir.
Vəhşi təbiətə əlavə olaraq, İndoneziya, Rafflesia və Qara Orkide kimi müxtəlif nadir və nəsli kəsilməkdə olan bitki növləri də var.
İndoneziya dünyada ən çox, Orangutan, Siamang və uzunmüddətli meymunlar da daxil olmaqla dünyanın ən çox ili olan ölkəsidir.
Şərqi Nusa Tenggara'da yerləşən Komodo National Park, dünyanın ən böyük kərtənkələ növü, Komodo.
Anoa və ya Sulawesi vəhşi inək, nəsli kəsilmək və yalnız İndoneziyada tapılan bir növ.
Gözəl lələkləri ilə məşhur olan Cənnət quşları yalnız Papua və ətraf adalarda tapılır.
İndoneziya, pələnglər, bəbirlər və böcək pələngləri də daxil olmaqla bir neçə böyük pişik növünün evidir.
Tısbağa tısbağaları təhlükə altındadır, dəniz növləri və İndoneziyanın mühafizəsi, o cümlədən Wakatobi Milli Parkı və Komodo Milli Parkı da daxil olmaqla bir sıra vacib yerlərə malikdir.
Vəhşi təbiətin qorunması İndoneziya ekosistemlərinin tarazlığını qorumaq və dünyanın bənzərsiz və nadir növlərini qorumaq üçün çox vacibdir.