Indonesien har mere end 17.000 øer og er hjemsted for 10% af alle arter af pattedyr, fugle og krybdyr i verden.
Indonesisk regnskov er en af de største i verden og er meget vigtig for bevarelse af dyreliv, herunder orangututaner, tigre og elefanter.
Foruden dyreliv har Indonesien også en række sjældne og truede plantearter, såsom lodtrækning og sorte orkideer.
Indonesien er det land med det største antal primater i verden, herunder orangututaner, Siamang og langhale aber.
Komodo National Park, som ligger i East Nusa Tenggara, er hjemsted for de største firbenarter i verden, Komodo.
Anoa eller Sulawesi vild ko, en art, der er truet og kun findes i Indonesien.
Paradisfugle, berømt for sine smukke fjer, findes kun i Papua og de omkringliggende øer.
Indonesien er hjemsted for flere store kattearter, herunder tigre, leoparder og bille tiger.
Skildpadde skildpadder er truede marine arter, og Indonesien har flere vigtige steder for deres bevaring, herunder Wakatobi National Park og Komodo National Park.
Bevaring af dyreliv er meget vigtig for at opretholde balancen mellem indonesiske økosystemer og beskytte unikke og sjældne arter i verden.