Během druhé světové války byla Indonésie kolonizována Holanďany, která byla poté v roce 1942 obsazena Japonskem.
Japonsko používá Indonésii jako základ pro kontrolu jihovýchodní Asie.
Indonésie je umístění divoké bitvy mezi japonskými jednotkami a spojeneckými silami, jako je Británie, Amerika a Austrálie.
Během japonské okupace zažili indonéští lidé různé druhy útlaku a vykořisťování, jako je nucená práce a zadržení.
Japonsko nejen provedl bombové útoky a letecké údery ve městech v Indonésii, jako jsou Surabaya a Jakarta.
Indonésie je také místem války mezi japonskými jednotkami a indonéskými silami ústřední vlády vedené Sukarnem a Hattou.
Poté, co se Japonsko vzdalo, Indonésie prohlásila svou nezávislost 17. srpna 1945, ale Holanďané neuznali nezávislost a zahájili nizozemskou vojenskou agresi I v roce 1947.
Indonéská válka nezávislosti trvala čtyři roky a skončila uznáním indonéské nezávislosti Holanďany v roce 1949.
Během druhé světové války byla Indonésie také umístěním odporu a podzemních hnutí proti útočníkům, jako je indonéské hnutí mládeže, lidová bezpečnostní armáda a Hizballáh.
Druhá světová válka přinesla do Indonésie zásadní změny, včetně vzniku silného nacionalismu a nakonec dosáhlo nezávislosti na kolonialismu.