Teise maailmasõja ajal koloniseeris Indoneesia hollandlased, mille seejärel okupeerisid Jaapan 1942. aastal.
Jaapan kasutab Indoneesiat Kagu -Aasia kontrollimise alusena.
Indoneesia on Jaapani vägede ja sellega seotud vägede, näiteks Suurbritannia, Ameerika ja Austraalia vahelise ägeda lahingu asukoht.
Jaapani okupatsiooni ajal kogesid Indoneesia inimesed mitmesuguseid rõhumist ja ekspluateerimist, näiteks sunniviisilist tööd ja kinnipidamist.
Mitte ainult, et Jaapan viis ka Indoneesia linnades, näiteks Surabaya ja Jakarta linnades pommitamisi ja õhurünnakuid.
Indoneesia on ka Jaapani vägede ja Indoneesia keskvalitsuse vägede vaheline sõja asukoht, mida juhivad Sukarno ja Hatta.
Pärast Jaapani alistumist kuulutas Indoneesia oma iseseisvuse 17. augustil 1945, kuid hollandlased ei tunnistanud iseseisvust ja alustasid Hollandi sõjalist agressiooni I 1947. aastal.
Indoneesia iseseisvussõda kestis neli aastat ja lõppes Hollandi 1949. aastal Indoneesia iseseisvuse tunnustamisega.
Teise maailmasõja ajal oli Indoneesia ka sissetungijate vastu suunatud vastupanu ja maa -aluste liikumiste asukoht, näiteks Indoneesia noorte liikumine, inimeste turvaarmee ja Hezbollah.
II maailmasõda tõi Indoneesiasse suuri muudatusi, sealhulgas tugeva natsionalismi liikumise tekkimist ja saavutas lõpuks iseseisvuse kolonialismist.
