Videnskabens historie i Indonesien begyndte i tidspunktet for kongeriget Srivijaya i det 7. århundrede.
I det 9. århundrede udviklede Falak (astronomi) sig i Indonesien med observatoriet i Jambi.
Under kongeriget Mataram udviklede medicinsk videnskab også med udøvelse af traditionel javansk medicin.
I det 17. århundrede begyndte den vestlige videnskab at blive introduceret i Indonesien af hollandske missionærer og forhandlere.
I det 18. århundrede vokser vestlig videnskab og teknologi i Indonesien med tilstedeværelsen af hollandske virksomheder, der åbner fabrikker og plantager.
I det 19. århundrede voksede vestlig videnskab og teknologi med formel uddannelse indført af den hollandske østindiske regering.
Under indonesisk uafhængighed blev videnskab og teknologi hovedfokus i national udvikling.
I 1976 lykkedes det Indonesien at lancere sin første satellit, Palapa A1, hvilket gjorde Indonesien til et tredjeland i Asien, der har sin egen satellit.
I 2007 lykkedes det Indonesien at bore olie ud af den første kyst ud for Cepu -kysten, Central Java.
På nuværende tidspunkt fokuserer Indonesien på udvikling af videnskab og teknologi for at forbedre samfundets konkurrenceevne og velfærd.
