De geschiedenis van de wetenschap in Indonesië begon in de tijd van het koninkrijk Srivijaya in de 7e eeuw.
In de 9e eeuw ontwikkelde Falak (astronomie) zich in Indonesië met het observatorium in Jambi.
Tijdens het koninkrijk Mataram ontwikkelde de medische wetenschap zich ook met de praktijk van de traditionele Javaanse geneeskunde.
In de 17e eeuw begon de westerse wetenschap in Indonesië te worden geïntroduceerd door Nederlandse zendelingen en handelaren.
In de 18e eeuw groeien de westerse wetenschap en technologie in Indonesië met de aanwezigheid van Nederlandse bedrijven die fabrieken en plantages openen.
In de 19e eeuw groeiden de westerse wetenschap en technologie met formeel onderwijs geïntroduceerd door de Nederlandse Oost -Indië -regering.
Tijdens de Indonesische onafhankelijkheid werden wetenschap en technologie de belangrijkste focus in de nationale ontwikkeling.
In 1976 slaagde Indonesië erin zijn eerste satelliet te lanceren, Palapa A1, die Indonesië tot een derde land in Azië maakte met zijn eigen satelliet.
In 2007 slaagde Indonesië erin olie te boren voor de eerste kust voor de kust van CEPU, centraal Java.
Momenteel richt Indonesië zich op de ontwikkeling van wetenschap en technologie om het concurrentievermogen en het welzijn van de gemeenschap te verbeteren.