Tarihin Kimiyya a Indonesia ya fara ne a lokacin mulkin Srivijaya a karni na 7.
A karni na 9, Falak (ilmin taurari) a Indonesia tare da lura a Jambi.
A cikin Mulkin Mataram, Kimiyyar Kimiyyar Kiwon Likita kuma ya inganta tare da aikin magungunan garin Javanese.
A karni na 17, ya fara gabatar da ilimin yamma a Indonesia ta 'yan kasuwa na Dutch.
A karni na 18, Kimiyya ta Yammaci da fasahar fasahar ta ke girma a Indonesia tare da kasancewar kamfanonin Holland wanda ke buɗe masana'antu da tsiro.
A karni na 19, Kimiyya ta Yammaci da fasahar fasahar ta ke ci gaba da gabatar da ilimin yau da kullun da gwamnatin gabas ta Dutch;
A lokacin samun 'yanci na Indonesiya, kimiyya da fasaha sun zama babban fifikon ci gaban ƙasa.
A shekarar 1976, Indonesiya ta yi nasarar gabatar da tauraron dan adam na farko, Pala A1, wanda ya sanya Indonesia a Asiya wacce take da tauraron dan adam.
A shekara ta 2007, Indonesiya ta yi nasara a cikin mai hako mai a tekun farko daga Kefu, Java na tsakiyar Jephu.
A halin yanzu, Indonesia yana mai da hankali kan ci gaban kimiyya da fasaha don inganta gasa da jindadin al'umma.