Dechreuodd hanes addysg yn Indonesia yn y 4edd ganrif OC, pan anfonodd brenin yn Java ei fab i astudio yn India.
Dechreuodd addysg ffurfiol yn Indonesia yn ystod cyfnod trefedigaethol yr Iseldiroedd yn y 19eg ganrif.
Sefydlwyd yr ysgol elfennol gyntaf yn Indonesia ym 1860 yn Batavia (Jakarta bellach) gan lywodraeth drefedigaethol yr Iseldiroedd.
Yn y 1920au, dechreuodd mudiad cenedlaetholgar Indonesia fynnu mwy o genedlaetholgar a gogwyddo i ddiwylliant Indonesia.
Ym 1945, daeth annibyniaeth ac addysg Indonesia yn un o'r prif flaenoriaethau mewn datblygu cenedlaethol.
Yn y 1950au, mabwysiadodd llywodraeth Indonesia system addysg fwy canolog a datblygu'r cwricwlwm cenedlaethol.
Yn y 1970au, mabwysiadodd llywodraeth Indonesia raglen addysg orfodol 9 mlynedd i ehangu'r mynediad at addysg sylfaenol.
Yn y 1990au, dechreuodd llywodraeth Indonesia annog datblygu addysg uwch breifat i wella mynediad i addysg uwch.
Yn 2003, mabwysiadodd llywodraeth Indonesia Gyfraith System Addysg Genedlaethol, a osododd nodau ac egwyddorion sylfaenol addysg yn Indonesia.
Ar hyn o bryd, mae gan Indonesia fwy na 250 o brifysgolion a mwy na 55,000 o ysgolion elfennol ac uwchradd sy'n gwasanaethu miliynau o fyfyrwyr bob blwyddyn.
