Zgodovina izobraževanja v Indoneziji se je začela v 4. stoletju našega štetja, ko je kralj v Javi poslal sina na študij v Indijo.
Formalno izobraževanje v Indoneziji se je začelo v nizozemskem kolonialnem obdobju v 19. stoletju.
Prva osnovna šola v Indoneziji je leta 1860 v Bataviji (danes v Džakarti) ustanovila nizozemska kolonialna vlada.
V dvajsetih letih prejšnjega stoletja je indonezijsko nacionalistično gibanje začelo zahtevati bolj nacionalistično in usmerjeno v indonezijsko kulturo.
Leta 1945 je neodvisnost in izobraževanje Indonezije postalo ena glavnih prednostnih nalog v nacionalnem razvoju.
Indonezijska vlada je v petdesetih letih prejšnjega stoletja sprejela bolj centraliziran izobraževalni sistem in razvila nacionalni učni načrt.
Indonezijska vlada je v 70. letih prejšnjega stoletja sprejela 9-letni obvezni izobraževalni program za širitev dostopa do osnovnega izobraževanja.
Indonezijska vlada je v devetdesetih letih začela spodbujati razvoj zasebnega visokega šolstva za izboljšanje dostopa do visokega šolstva.
Leta 2003 je indonezijska vlada sprejela zakon o nacionalnem izobraževalnem sistemu, ki je postavil osnovne cilje in načela izobraževanja v Indoneziji.
Trenutno ima Indonezija več kot 250 univerz in več kot 55.000 osnovnih in srednjih šol, ki vsako leto služijo milijonom učencev.
