Historien om uddannelse i Indonesien begyndte i det 4. århundrede e.Kr., da en konge i Java sendte sin søn til at studere i Indien.
Formel uddannelse i Indonesien begyndte i den hollandske kolonitid i det 19. århundrede.
Den første folkeskole i Indonesien blev grundlagt i 1860 i Batavia (nu Jakarta) af den hollandske koloniale regering.
I 1920'erne begyndte den indonesiske nationalistiske bevægelse at kræve mere nationalistisk og orienteret til den indonesiske kultur.
I 1945 blev Indonesiens uafhængighed og uddannelse en af de højeste prioriteter i national udvikling.
I 1950'erne vedtog den indonesiske regering et mere centraliseret uddannelsessystem og udviklede det nationale læseplan.
I 1970'erne vedtog den indonesiske regering et 9-årigt obligatorisk uddannelsesprogram for at udvide adgangen til grunduddannelse.
I 1990'erne begyndte den indonesiske regering at tilskynde til udvikling af privat videregående uddannelse til at forbedre adgangen til videregående uddannelse.
I 2003 vedtog den indonesiske regering National Education System Law, der satte de grundlæggende mål og principper for uddannelse i Indonesien.
I øjeblikket har Indonesien mere end 250 universiteter og mere end 55.000 folkeskoler og gymnasier, der tjener millioner af studerende hvert år.
