Historia ya elimu nchini Indonesia ilianza katika karne ya 4 BK, wakati mfalme huko Java alimtuma mtoto wake kusoma nchini India.
Elimu rasmi nchini Indonesia ilianza wakati wa kipindi cha ukoloni wa Uholanzi katika karne ya 19.
Shule ya kwanza ya msingi nchini Indonesia ilianzishwa mnamo 1860 huko Batavia (sasa Jakarta) na serikali ya ukoloni ya Uholanzi.
Mnamo miaka ya 1920, harakati za kitaifa za Indonesia zilianza kudai utaifa zaidi na mwelekeo wa tamaduni ya Indonesia.
Mnamo 1945, uhuru na elimu ya Indonesia ikawa moja ya vipaumbele vya juu katika maendeleo ya kitaifa.
Mnamo miaka ya 1950, serikali ya Indonesia ilichukua mfumo wa elimu wa kati na kuendeleza mtaala wa kitaifa.
Mnamo miaka ya 1970, serikali ya Indonesia ilipitisha mpango wa kulazimisha wa miaka 9 wa kupanua upatikanaji wa elimu ya msingi.
Mnamo miaka ya 1990, serikali ya Indonesia ilianza kuhamasisha maendeleo ya elimu ya juu ili kuboresha upatikanaji wa elimu ya juu.
Mnamo 2003, serikali ya Indonesia ilipitisha sheria ya mfumo wa elimu wa kitaifa, ambayo iliweka malengo na kanuni za msingi za elimu nchini Indonesia.
Kwa sasa, Indonesia ina vyuo vikuu zaidi ya 250 na zaidi ya shule 55,000 za msingi na sekondari ambazo hutumikia mamilioni ya wanafunzi kila mwaka.
