La salute del popolo indonesiano è a carico del governo dopo l'indipendenza nel 1945.
Il programma di immunizzazione di massa in Indonesia iniziò nel 1950 per superare lo scoppio di malattie che si diffondono.
Negli anni '70, l'Indonesia riuscì a combattere focolai di vaiolo che erano i principali problemi nella comunità.
Negli anni '90, l'Indonesia è riuscita a ridurre i tassi di mortalità materna e infantile da un altissimo.
Negli anni 2000, l'Indonesia è riuscita a ridurre il numero di casi di malaria e TB con un programma di trattamento e prevenzione.
Il National Health Insurance Program (JKN) che è stato lanciato nel 2014 è stato uno degli sforzi del governo per migliorare l'accesso alla salute per tutti i livelli della società.
L'Indonesia è uno dei paesi con il maggior numero di operatori sanitari del mondo.
L'Indonesia ha anche molte università e istituzioni educative che offrono programmi di studio della salute pubblica.
Alcune malattie che sono ancora un problema in Indonesia includono HIV/AIDS, diabete e malattie cardiache.
L'uso della medicina tradizionale è ancora ampiamente effettuato dalla gente dell'Indonesia come trattamento alternativo.