II Dünya Müharibəsi dövründə İndoneziya 1942-ci ildə Yaponiyanın işğal etdiyi Hollandiya tərəfindən müstəmləkə edildi.
Yaponiya İndoneziyanı Cənub-Şərqi Asiyaya nəzarət etmək üçün əsas kimi istifadə edir.
İndoneziya, Yapon qoşunları və İngiltərə, Amerika və Avstraliya kimi müttəfiq qüvvələr arasında şiddətli bir döyüşün yeridir.
Yapon işğalı zamanı İndoneziya xalqı məcburi əmək və həbs kimi müxtəlif növ təzyiq və istismar hissi keçirdi.
Oxuda deyil, Yaponiya, həm də İndoneziyadakı şəhərlərə, məsələn, Surabaya və Cakarta kimi partlayış və hava zərbələri həyata keçirdi.
İndoneziya, eyni zamanda, Sukarno və Hatta'nın rəhbərlik etdiyi Yapon qoşunları və İndoneziya Mərkəzi Hökumət qüvvələri arasındakı müharibənin yeridir.
Yaponiyanın təslim olduqdan sonra, İndoneziya 17 avqust 1945-ci ildə müstəqilliyini elan etdi, lakin Hollandiya müstəqilliyi tanımadı və 1947-ci ildə Hollandiyalı hərbi təcavüzə başladı.
İndoneziya müstəqillik müharibəsi dörd il davam etdi və 1949-cu ildə Hollandiya tərəfindən İndoneziya müstəqilliyinin tanınması ilə başa çatdı.
II Dünya Müharibəsi dövründə İndoneziya da İndoneziya Gənclər Hərəkatı, Xalq Təhlükəsizliyi Ordusu və Hizbullah kimi işğalçılara qarşı müqavimət və yeraltı hərəkətlərin yeri idi.
II Dünya Müharibəsi İndoneziyaya böyük dəyişikliklər gətirdi, o cümlədən güclü bir millətçilik hərəkatının ortaya çıxması və nəticədə müstəqilliyin müstəqilliyinə nail oldu.
