По време на Втората световна война Индонезия е колонизирана от холандците, която след това е окупирана от Япония през 1942 г.
Япония използва Индонезия като основа за контрол на Югоизточна Азия.
Индонезия е местоположението на ожесточена битка между японските войски и съюзнически сили като Великобритания, Америка и Австралия.
По време на японската окупация индонезийският народ е преживял различни видове потисничество и експлоатация, като принудителен труд и задържане.
Не само това, Япония също извърши атентати и въздушни удари по градове в Индонезия, като Сурабая и Джакарта.
Индонезия също е местоположението на войната между японските войски и индонезийските сили на централното правителство, водени от Сукарно и Хата.
След като Япония се предаде, Индонезия обявява своята независимост на 17 август 1945 г., но холандците не признават независимостта и започва холандската военна агресия I през 1947 г.
Индонезийската война за независимост продължи четири години и завърши с признаването на индонезийската независимост от холандците през 1949 г.
По време на Втората световна война Индонезия е била и мястото на съпротива и подземни движения срещу нашественици, като индонезийското младежко движение, армията за сигурност на хората и Хизбула.
Втората световна война донесе големи промени в Индонезия, включително появата на силно национализъм и в крайна сметка постигна независимост от колониализма.
