Sa panahon ng Ikalawang Digmaang Pandaigdig, ang Indonesia ay kolonisado ng Dutch na kung saan ay sinakop ng Japan noong 1942.
Ginagamit ng Japan ang Indonesia bilang batayan para sa pagkontrol sa Timog Silangang Asya.
Ang Indonesia ay ang lokasyon ng isang mabangis na labanan sa pagitan ng mga tropang Hapon at kaalyadong pwersa tulad ng Britain, America at Australia.
Sa panahon ng pananakop ng mga Hapon, ang mga mamamayang Indonesia ay nakaranas ng iba't ibang uri ng pang -aapi at pagsasamantala, tulad ng sapilitang paggawa at pagpigil.
Hindi lamang iyon, isinasagawa din ng Japan ang mga pambobomba at welga ng hangin sa mga lungsod sa Indonesia, tulad ng Surabaya at Jakarta.
Ang Indonesia ay din ang lokasyon ng digmaan sa pagitan ng mga tropang Hapon at mga puwersa ng sentral na pamahalaan ng Indonesia na pinamumunuan nina Sukarno at Hatta.
Matapos sumuko ang Japan, inihayag ng Indonesia ang kalayaan nito noong Agosto 17, 1945, ngunit hindi kinilala ng Dutch ang kalayaan at sinimulan ang pagsalakay ng militar ng Dutch noong 1947.
Ang Indonesia War of Independence ay tumagal ng apat na taon at natapos sa pagkilala sa kalayaan ng Indonesia ng Dutch noong 1949.
Sa panahon ng World War II, ang Indonesia ay din ang lokasyon ng paglaban at mga paggalaw sa ilalim ng lupa laban sa mga mananakop, tulad ng kilusang kabataan ng Indonesia, hukbo ng seguridad ng mga tao, at Hezbollah.
Ang Digmaang Pandaigdig II ay nagdala ng mga pangunahing pagbabago sa Indonesia, kabilang ang paglitaw ng isang malakas na kilusang nasyonalismo at kalaunan ay nakamit ang kalayaan mula sa kolonyalismo.
