Povijest indonezijske arhitekture započinje u prapovijesnim vremenima, kada ljudi počinju graditi kuće na štakama od drveta i bambusa.
U 7. stoljeću, kraljevstvo Srivijaya sa sjedištem u Sumatri postalo je središte indonezijskog arhitektonskog razvoja, s karakteristikama hramova i okrugle stupa.
U 14. stoljeću, kraljevstvo Majapahit usredotočeno na Javu postalo je središte razvoja arhitekture javanske, s karakteristikama hramova i tvrđava grada.
Tijekom nizozemskog kolonijalnog razdoblja, indonezijska arhitektura podvrgnuta je velikim promjenama, s utjecajem snažnog europskog stila. Nizozemski kolonijalni arhitektonski stil može se naći u mnogim starim zgradama u Indoneziji.
Tijekom indonezijske neovisnosti, indonezijska arhitektura doživjela je brz razvoj, s mnogim indonezijskim arhitektima koji su proučavali stil moderne arhitekture iz Europe i Sjedinjenih Država.
Jedan od poznatih indonezijskih arhitekata tijekom razdoblja neovisnosti bio je Sukarno, koji je ujedno bio prvi predsjednik Indonezije. Sukarno je poznat kao arhitekt koji je razvio stil indonezijske nacionalne arhitekture, koji je kombinirao tradicionalne elemente s modernim stilovima.
Jedan primjer najpoznatije indonezijske arhitektonske zgrade je hram Borobudur, koji je najveći budistički hram na svijetu. Hram Borobudur sagrađen je u 8. stoljeću i UNESCO je svjetska baština.
Jedan primjer poznate indonezijske moderne arhitektonske zgrade je Monas, koji je indonezijski nacionalni spomenik. Monas je sagrađen 1961. godine i ima visinu od 132 metra.
Jedan primjer poznate indonezijske tradicionalne arhitektonske zgrade je tradicionalna kuća Toraja, koja potječe iz Južnog Sulawezija. Tradicionalna kuća Toraja ima jedinstveni oblik i ukrašena je prekrasnim rezbarijama.
Trenutno indonezijska arhitektura nastavlja razvijati i doživljavati mnoge inovacije. Mnogi indonezijski arhitekti razvijaju ekološki prihvatljive arhitektonske stilove i koriste lokalne materijale za izgradnju lijepih i funkcionalnih zgrada.