Indonēzijas arhitektūras vēsture sākas aizvēsturiskos laikos, kad cilvēki sāk būvēt mājas uz koka un bambusa.
7. gadsimtā Sumatrā esošā Šrivijajas karaliste kļuva par Indonēzijas arhitektūras attīstības centru ar tempļu un apaļas stupas īpašībām.
14. gadsimtā Majapahit karaļvalsts, kura centrā bija Java, kļuva par Javanas arhitektūras attīstības centru ar pilsētas tempļu un cietokšņu īpašībām.
Nīderlandes koloniālajā periodā Indonēzijas arhitektūra piedzīvoja lielas izmaiņas ar spēcīga Eiropas stila ietekmi. Nīderlandes koloniālo arhitektūras stilu var atrast daudzās vecās ēkās Indonēzijā.
Indonēzijas neatkarības laikā Indonēzijas arhitektūra piedzīvoja strauju attīstību, daudziem Indonēzijas arhitektiem, kuri pētīja mūsdienu arhitektūras stilu no Eiropas un Amerikas Savienotajām Valstīm.
Viens no Indonēzijas slavenajiem arhitektiem neatkarības periodā bija Sukarno, kurš bija arī pirmais Indonēzijas prezidents. Sukarno ir pazīstams kā arhitekts, kurš izstrādāja Indonēzijas nacionālās arhitektūras stilu, kas tradicionālos elementus apvienoja ar mūsdienu stiliem.
Viens slavenākās Indonēzijas arhitektūras ēkas piemērs ir Borobudur templis, kas ir lielākais budistu templis pasaulē. Borobudura templis tika uzcelts 8. gadsimtā un ir UNESCO pasaules mantojums.
Viens no slavenās Indonēzijas mūsdienu arhitektūras ēkas piemēriem ir Monas, kas ir Indonēzijas nacionālais piemineklis. Mona tika uzcelta 1961. gadā, un tās augstums ir 132 metri.
Viens no slavenās Indonēzijas tradicionālās arhitektūras ēkas piemēriem ir Toraja tradicionālā māja, kuras izcelsme ir no Sulavesi dienvidiem. Toraja tradicionālajai mājai ir unikāla forma, un tā ir dekorēta ar skaistiem kokgriezumiem.
Pašlaik Indonēzijas arhitektūra turpina attīstīt un izjust daudzus jauninājumus. Daudzi Indonēzijas arhitekti izstrādā videi draudzīgus arhitektūras stilus un izmanto vietējos materiālus, lai izveidotu skaistas un funkcionālas ēkas.