ההיסטוריה של האדריכלות האינדונזית מתחילה בתקופות פרהיסטוריות, כאשר בני האדם מתחילים לבנות בתים על כלונסאות מעץ ובמבוק.
במאה ה -7 הפכה ממלכת סריביג'איה שבסיסה בסומטרה למרכז ההתפתחות האדריכלית האינדונזית, עם מאפייני המקדשים והסטופה העגולה.
במאה ה -14, ממלכת מג'אפיט שבמרכזה ג'אווה הפכה למרכז פיתוח האדריכלות היבני, עם מאפייני המקדשים ומבצרי העיר.
במהלך התקופה הקולוניאלית ההולנדית, ארכיטקטורה אינדונזית עברה שינויים גדולים, עם השפעת סגנון אירופי חזק. ניתן למצוא סגנון אדריכלי קולוניאלי הולנדי בבניינים ישנים רבים באינדונזיה.
במהלך העצמאות האינדונזית, אדריכלות אינדונזית חווה פיתוח מהיר, עם אדריכלים אינדונזיים רבים שלמדו את סגנון האדריכלות המודרנית מאירופה וארצות הברית.
אחד האדריכלים המפורסמים באינדונזיה בתקופת העצמאות היה סוקארנו, שהיה גם הנשיא הראשון של אינדונזיה. סוקארנו ידוע כאדריכל שפיתח את סגנון האדריכלות הלאומית האינדונזית, ששילבה אלמנטים מסורתיים עם סגנונות מודרניים.
דוגמא אחת לבניין האדריכלי האינדונזי המפורסם ביותר הוא מקדש בורובודור, שהוא המקדש הבודהיסטי הגדול בעולם. מקדש בורובודור נבנה במאה ה -8 והוא מורשת עולמית של אונסק"ו.
דוגמא אחת לבניין האדריכלי המודרני המפורסם האינדונזי הוא מונאס, שהיא האנדרטה הלאומית האינדונזית. מונאס נבנה בשנת 1961 וגובהו 132 מטר.
דוגמה אחת לבניין האדריכלי המסורתי האינדונזי המפורסם הוא הבית המסורתי של טורג'ה, שמקורו בדרום סולווסי. הבית המסורתי של טורג'ה בעל צורה ייחודית והוא מעוטר בגילופים יפים.
נכון לעכשיו, ארכיטקטורה אינדונזית ממשיכה לפתח ולחוות חידושים רבים. אדריכלים אינדונזיים רבים מפתחים סגנונות אדריכליים ידידותיים לסביבה ומשתמשים בחומרים מקומיים כדי לבנות מבנים יפים ופונקציונליים.