Prvi poznati indonezijski špijun je Raden Suryodingram, poznat kao Ki Ageng Selo. Bio je špijun kraljevstva Matarama u 16. stoljeću.
Jedan od poznatih indonezijskih špijuna je Tan Malaka, revolucionar i intelektualac koji igra važnu ulogu u borbi za indonezijsku neovisnost.
U indonezijskom ratu za neovisnost, potpukovnik Alex Kawilang postao je vrlo uspješan špijun za indonezijsku nacionalnu vojsku.
Jedan od drugih poznatih špijuna Indonezije je Soekarno, koji je u početku radio kao nizozemski obavještajni agent prije nego što je postao prvi predsjednik Indonezije.
Jedan od najkontroverznijih poznatih špijuna Indonezije je Munir rekao da je Thalib, koji je indonezijska vojska ubijen 2004. godine nakon što je otkrio kršenje ljudskih prava.
Tijekom Drugog svjetskog rata, vođu indonezijskog nacionalnog pokreta, Sukarno, japanska vojska poslala je u Banten kako bi prikupila inteligenciju o situaciji u Indoneziji.
Jedan od drugih poznatih špijuna Indonezije je Elizabeth Pisani, koja radi kao epidemiološka novinarka i istraživačica prije nego što je postala špijun indonezijske vlade.
Tijekom vladavine Soeharto, Bambarg Hendarso Danuri, koji je kasnije postao šef indonezijske policije, radio je kao špijun za vladu.
1965. Međunarodni kongres rada u Jakarti infiltrirao je indonezijske obavještajne agente prerušene u delegate.
2005. godine bivši indonezijski obavještajni agent, Rasyid Rajasa, proglašen je krivim za ubojstvo aktivista za ljudska prava i osuđen je na doživotni zatvor.
