İlk ünlü Endonezya casusu, Ki Ageng Selo olarak bilinen raden Suryodiningrat'tır. 16. yüzyılda Mataram Krallığı'nın casusuydu.
Endonezya'nın ünlü casuslarından biri, Endonezya bağımsızlığı mücadelesinde önemli bir rol oynayan devrimci ve entelektüel Tan Malaka'dır.
Endonezya Bağımsızlık Savaşı'nda Teğmen Albay Alex Kawilarang, Endonezya Ulusal Ordusu için çok başarılı bir casus oldu.
Endonezya'nın diğer ünlü casuslarından biri, başlangıçta Endonezya'nın ilk başkanı olmadan önce Hollanda istihbarat ajanı olarak çalışan Soekarno'dur.
Endonezya'nın en tartışmalı ünlü casuslarından biri, Endonezya ordusu tarafından insan haklarının ihlallerini ortaya çıkardıktan sonra 2004 yılında öldürülen Thalib'in Munir olduğunu söyledi.
II. Dünya Savaşı sırasında, Endonezya Ulusal Hareketi'nin lideri Sukarno, Endonezya'daki durum hakkında istihbarat toplamak için Japon ordusu tarafından Banten'e gönderildi.
Endonezya'nın diğer ünlü casuslarından biri, Endonezya hükümeti için casus olmadan önce epidemiyolojik bir gazeteci ve araştırmacı olarak çalışan Elizabeth Pisani'dir.
Soeharto saltanatı sırasında, daha sonra Endonezya polisinin başkanı olan Bambang Hendarso Danuri, hükümet için bir casus olarak çalıştı.
1965 yılında Jakarta'daki Uluslararası Çalışma Kongresi, delegeler olarak gizlenen Endonezya istihbarat ajanları tarafından sızdı.
2005 yılında eski Endonezya istihbarat ajanı Rasyid Rajasa, bir insan hakları aktivistinin öldürülmesinden suçlu bulundu ve ömür boyu hapis cezasına çarptırıldı.
