Il primo super computer in Indonesia è il Cray Y-MP di proprietà di Lipi nel 1992.
Al momento, il supercomputer più veloce in Indonesia è azionario da BPPT con una velocità di picco di 1,5 petaflop.
L'Indonesia ha molti altri supercomputer come Terascale Computing System (TCS) e HPC-UGM.
I supercomputer sono utilizzati in molti campi in Indonesia, tra cui la ricerca scientifica, la modellizzazione meteorologica e le previsioni di catastrofi naturali.
L'Indonesia ha un programma nazionale per sviluppare supercomputer e tecnologie correlate, noto come National Supercomputer Technology Research and Innovation Program (PRISM).
Supercomputer Made in Indonesia, chiamato Merah Putih, è stato lanciato nel 2018 e dovrebbe aumentare la competitività della tecnologia indonesiana.
I supercomputer vengono anche utilizzati per sviluppare applicazioni di intelligenza artificiale e tecnologia di automazione in Indonesia.
BPPT è un'istituzione governativa responsabile del funzionamento di diversi supercomputer in Indonesia.
Un certo numero di università in Indonesia hanno anche i loro supercomputer, tra cui la Gadjah Mada University e il Bandung Institute of Technology.
L'Indonesia ha ospitato la conferenza Asia-Pacifico sui super computer nel 2018, che ha caratterizzato alcune delle ultime innovazioni nella tecnologia dei supercomputer.