Siêu máy tính đầu tiên ở Indonesia là Cray Y-MP thuộc sở hữu của Lipi vào năm 1992.
Hiện tại, siêu máy tính nhanh nhất ở Indonesia là Agarwood được vận hành bởi BPPT với tốc độ cực đại là 1,5 petaflop.
Indonesia có một số siêu máy tính khác như Hệ thống điện toán Terascale (TCS) và HPC-UGM.
Siêu máy tính được sử dụng trong nhiều lĩnh vực ở Indonesia, bao gồm nghiên cứu khoa học, mô hình thời tiết và dự đoán về thiên tai.
Indonesia có một chương trình quốc gia để phát triển các siêu máy tính và công nghệ liên quan, được gọi là Chương trình đổi mới và nghiên cứu công nghệ siêu máy tính quốc gia (PRISM).
Siêu máy tính được sản xuất tại Indonesia, được đặt tên là Merah Putih, đã được ra mắt vào năm 2018 và dự kiến sẽ tăng khả năng cạnh tranh của công nghệ Indonesia.
Siêu máy tính cũng được sử dụng để phát triển các ứng dụng trí tuệ nhân tạo và công nghệ tự động hóa ở Indonesia.
BPPT là một tổ chức chính phủ chịu trách nhiệm cho hoạt động của một số siêu máy tính ở Indonesia.
Một số trường đại học ở Indonesia cũng có siêu máy tính riêng của họ, bao gồm Đại học Gadjah Mada và Viện Công nghệ Bandung.
Indonesia đã tổ chức Hội nghị Châu Á-Thái Bình Dương về Super Computer vào năm 2018, trong đó có một số đổi mới mới nhất trong công nghệ siêu máy tính.
