Ang unang super computer sa Indonesia ay ang Y-MP cray na pag-aari ng LIPI noong 1992.
Sa kasalukuyan, ang pinakamabilis na supercomputer sa Indonesia ay ang Agarwood na pinatatakbo ng BPPT na may bilis ng rurok na 1.5 Petaflop.
Ang Indonesia ay may maraming iba pang mga supercomputer tulad ng Terascale Computing System (TCS) at HPC-UGM.
Ang mga supercomputers ay ginagamit sa maraming larangan sa Indonesia, kabilang ang pananaliksik sa agham, pagmomolde ng panahon, at mga hula ng mga natural na sakuna.
Ang Indonesia ay may pambansang programa upang makabuo ng mga supercomputer at kaugnay na teknolohiya, na kilala bilang National Supercomputer Technology Research and Innovation Program (PRISM).
Ang supercomputer na ginawa sa Indonesia, na nagngangalang Merah Putih, ay inilunsad noong 2018 at inaasahang madaragdagan ang pagiging mapagkumpitensya ng teknolohiyang Indonesia.
Ginagamit din ang mga supercomputer upang makabuo ng mga artipisyal na aplikasyon ng intelihensiya at teknolohiya ng automation sa Indonesia.
Ang BPPT ay isang institusyon ng gobyerno na responsable para sa pagpapatakbo ng maraming mga supercomputers sa Indonesia.
Ang isang bilang ng mga unibersidad sa Indonesia ay mayroon ding sariling mga supercomputers, kabilang ang Gadjah Mada University at Bandung Institute of Technology.
Nag-host ang Indonesia ng Asia-Pacific Conference sa Super Computer sa 2018, na nagtampok ng ilan sa mga pinakabagong mga makabagong ideya sa teknolohiyang supercomputer.
