Komputer super pertama di Indonesia adalah cray Y-MP yang dimiliki oleh Lipi pada tahun 1992.
Pada masa ini, superkomputer terpantas di Indonesia adalah Agarwood yang dikendalikan oleh BPPT dengan kelajuan puncak 1.5 petaflop.
Indonesia mempunyai beberapa superkomputer lain seperti sistem pengkomputeran Terascale (TCS) dan HPC-UGM.
Superkomputer digunakan dalam banyak bidang di Indonesia, termasuk penyelidikan saintifik, pemodelan cuaca, dan ramalan bencana alam.
Indonesia mempunyai program kebangsaan untuk membangunkan superkomputer dan teknologi berkaitan, yang dikenali sebagai Program Penyelidikan dan Inovasi Teknologi Superkomputer Kebangsaan (PRISM).
Superkomputer yang dibuat di Indonesia, bernama Merah Putih, dilancarkan pada tahun 2018 dan dijangka meningkatkan daya saing teknologi Indonesia.
Superkomputer juga digunakan untuk membangunkan aplikasi kecerdasan buatan dan teknologi automasi di Indonesia.
BPPT adalah institusi kerajaan yang bertanggungjawab untuk operasi beberapa superkomputer di Indonesia.
Beberapa universiti di Indonesia juga mempunyai superkomputer mereka sendiri, termasuk Gadjah Mada University dan Bandung Institute of Technology.
Indonesia menganjurkan Persidangan Asia Pasifik di Super Computers pada tahun 2018, yang menampilkan beberapa inovasi terkini dalam teknologi superkomputer.
